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La parte estuarina de la laguna de Ebrié está sometida a enormes presiones antropogénicas y a forzamientos estacionales naturales. Un seguimiento de la evolución de su hidrología durante el año 2014 reveló que está fuertemente influenciada por las estaciones lagunares. Así, la salinidad, el pH, el oxígeno disuelto, la temperatura y la transparencia son más elevados en la estación de estiaje, especialmente en las proximidades del canal de Vridi, bajo fuerte influencia marina (canal de Biétri y Azito). Las materias en suspensión son más abundantes en la estación de lluvias, sobre todo en el centro de la zona estuarina, donde los vertidos domésticos e industriales son mayores (Biétri, Cocody y Marcory). Las sales nutritivas (amonio, fosfatos, nitratos, nitritos) son características de la estación de crecidas, sobre todo en la parte oriental del estuario, cerca del río Comoé (Koumassi y M'badon). Las aguas del estuario son cálidas, pobres en oxígeno, nitritos y nitratos, pero ricas en fosfatos y amonio.