La parte estuarina della laguna di Ebrié è soggetta a enormi pressioni antropiche e a forzature stagionali naturali. Un monitoraggio dell'evoluzione della sua idrologia durante il 2014 ha rivelato che è fortemente influenzata dalle stagioni lagunari. Così, la salinità, il pH, l'ossigeno disciolto, la temperatura e la trasparenza sono più elevati nella stagione di bassa marea, soprattutto in prossimità del canale Vridi, sotto forte influenza marina (canale Biétri e Azito). La materia sospesa è più abbondante nella stagione delle piogge, soprattutto al centro della zona estuarina, dove gli scarichi domestici e industriali sono maggiori (Biétri, Cocody e Marcory). I sali nutritivi (ammonio, fosfati, nitrati, nitriti) sono caratteristici della stagione delle piene, soprattutto nella parte orientale dell'estuario, vicino al fiume Comoé (Koumassi e M'badon). Le acque dell'estuario sono calde, povere di ossigeno, nitriti e nitrati, ma ricche di fosfati e ammonio.