A realização adequada das operações de pós-colheita garante melhor qualidade fisiológica das sementes de girassol, mas para isto, após a colheita, deve-se ter os devidos cuidados com as transformações, deterioração e perdas pela transferência simultânea de calor e massa entre as sementes e o ar aquecido nos processos de secagem, monitorando a temperatura do ar de secagem e da massa das sementes, a umidade relativa e o fluxo de ar no secador. O descuido no processo de secagem poderá danificar as estruturas celulares, desnaturar as proteínas e causar rachaduras e mudanças na coloração, reduzindo a qualidade física e fisiológica das sementes. Na armazenagem é fundamental monitorar os teores de água das sementes, considerando a umidade de equilíbrio higroscópico de armazenamento e conservar a massa das sementes com temperaturas baixas, reduzindo o processo de respiração do vegetal.