Il trattamento canalare prevede la rimozione della polpa infetta e il completo riempimento dello spazio in tre dimensioni per prevenire l'invasione apicale e coronale dei microbi. L'otturazione del canale radicolare viene eseguita con guttaperca e sigillanti per ottenere un sigillo a tenuta di fluido, obbligatorio per tutti i trattamenti endodontici. I sigillanti del canale radicolare dovrebbero uccidere tutti i microbi rimasti dopo la detersione e la sagomatura, oltre a riempire le irregolarità tra i materiali e le pareti canalari, i canali accessori e i forami multipli. Esistono vari tipi di sigillanti con funzioni diverse, che contribuiscono al successo a lungo termine del trattamento endodontico.
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