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La fibra alimentare e i farmaci umani - antibiotici e non antibiotici - possono modulare la flora intestinale producendo la crescita degli archei del colon e l'endosimbiosi generando il cambiamento climatico, l'evoluzione dei superbatteri e dei virus emergenti e creando il fenotipo della malattia. La dieta ad alta fibra è digerita dalla flora colonica che porta alla generazione di acidi grassi a catena corta e inibisce la crescita endosimbiotica e arcaica del colon. Così una dieta a basso contenuto di fibre altera il microbioma intestinale nel colon con più di crescita degli archei. Gli archei sviluppano un meccanismo protettivo di resistenza agli antibiotici e dominano la microflora del colon. Gli archei del colon per selezione naturale e scambi di DNA/geni con altri organismi colonici ed endosimbiotici trasferiscono i geni per la resistenza agli antibiotici alla flora del colon. Questo costituisce la base per la generazione di superbatteri resistenti a tutti gli antibiotici. Gli archei del colon generano anche viroidi a RNA che vengono convertiti in viroidi a DNA dalla trascrittasi inversa epiteliale HERV del colon e vengono integrati nel genoma del colon. I viroidi RNA e DNA si ibridano con la popolazione viroide e batterica del microbioma intestinale e con il DNA e RNA del virobioma dell'intestino portando a virus emergenti.