La replicación del virus del VIH es un proceso relacionado con el tiempo que incluye la adhesión a la célula huésped y la fusión, la transcripción inversa, la integración en el ADN de la célula huésped, la transcripción y el empalme, el transporte múltiple de ARNm, la síntesis de proteínas, el brote y la maduración. La secuenciación de lectura larga se ha aplicado al genoma del virus del VIH-1 (tipo HXB2CG) con el software HIV.pro, un código fortran 90 / C++ para simular el ciclo de replicación del virus, especialmente la transcripción RNAPII, el empalme de exones/intrones y la síntesis de proteínas del ribosoma, incluyendo el desplazamiento de marcos en el gen gag/pol y la pausa del ribosoma en el gen env. El análisis detallado de la replicación del virus del VIH y la caracterización de la proteómica del virus son importantes para identificar qué antígenos presentan los macrófagos a las células CD4, para localizar epítopos reactivos o para crear vectores de transferencia que permitan desarrollar nuevas vacunas contra el VIH y terapias eficaces.
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