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As variações temporais e espaciais da ecologia de lagos, estuários e reservatórios estão relacionadas com a variação na composição da população de fitoplâncton, tendo em vista que esta comunidade é a base da cadeia alimentar marinha e lacustre. Esta trabalho desenvolveu um modelo para estimativa da dinâmica de biomassa de fitoplâncton, considerando os mecanismos de transporte no meio aquático, crescimento e perdas de sua biomassa. O modelo foi aplicado no sistema formado pela Lagoa Mangueira e Banhado do Taim localizado na parte sul costeira do estado do Rio Grande do Sul. Este sistema está inserido no Sistema Hidrológico do Taim como unidade de conservação federal, onde se desenvolve o projeto PELD (Pesquisas Ecológicas de longa duração). A hidrodinâmica do sistema foi ajustada e verificada apresentando bons resultados. Os cenários de análise propostos proporcionaram uma maior compreensão do transporte do material suspenso particulado e do material escalar genérico, assim como adinâmica e as florações de algas no sistema em condições físicas e meteorológicas reais.