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A replicação do vírus HIV é um processo relacionado com o tempo que inclui a ligação à célula hospedeira e fusão, transcrição inversa, integração no ADN da célula hospedeira, transcrição e emenda, transporte de mRNA múltiplo, síntese de proteínas, florescimento e maturação. A sequenciação de longa leitura foi aplicada ao genoma do vírus HIV-1 (tipo HXB2CG) com o software HIV.pro, um código fortran 90 / C++ para simular o ciclo de replicação do vírus, especialmente transcrição RNAPII, emenda exon/intron e síntese de proteína ribossómica, incluindo a emenda do gene gag/pol e a pausa do ribossoma no gene env. A análise detalhada da replicação do vírus HIV e a caracterização da proteómica do vírus são importantes para identificar que antigénios são apresentados por macrófagos às células CD4, para localizar epitopos reactivos ou para criar vectores de transferência para desenvolver novas vacinas HIV e terapias eficazes.