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La réplication du virus VIH est un processus temporel qui comprend l'attachement à la cellule hôte et la fusion, la transcription inverse, l'intégration sur l'ADN de la cellule hôte, la transcription et l'épissage, le transport de multiples ARNm, la synthèse des protéines, le bourgeonnement et la maturation. Le séquençage à long terme a été appliqué au génome du virus HIV-1 (type HXB2CG) avec le logiciel HIV.pro, un code fortran 90 / C++ pour simuler le cycle de réplication du virus, en particulier la transcription RNAPII, l'épissage exon/intron et la synthèse des protéines du ribosome, y compris le décalage de cadre au niveau du gène gag/pol et la pause du ribosome au niveau du gène env. L'analyse détaillée de la réplication du virus VIH et la caractérisation de la protéomique du virus sont importantes pour identifier quels antigènes sont présentés par les macrophages aux cellules CD4, pour localiser les épitopes réactifs ou pour créer des vecteurs de transfert afin de développer de nouveaux vaccins contre le VIH et des thérapies efficaces.