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La replicazione del virus HIV è un processo legato al tempo che comprende l'attaccamento alla cellula ospite e la fusione, la trascrizione inversa, l'integrazione nel DNA della cellula ospite, la trascrizione e lo splicing, il trasporto di mRNA multipli, la sintesi proteica, la gemmazione e la maturazione. Il sequenziamento a lettura lunga è stato applicato al genoma del virus HIV-1 (tipo HXB2CG) con il software HIV.pro, un codice Fortran 90 / C++ per la simulazione del ciclo di replicazione del virus, in particolare la trascrizione RNAPII, lo splicing di esoni/introni e la sintesi di proteine ribosomiali, compresi il frameshift del gene gag/pol e la pausa ribosomiale del gene env. L'analisi dettagliata della replicazione del virus HIV e la caratterizzazione della proteomica del virus sono importanti per identificare quali antigeni vengono presentati dai macrofagi alle cellule CD4, per localizzare gli epitopi reattivi o per creare vettori di trasferimento per sviluppare nuovi vaccini contro l'HIV e terapie efficaci.