La sindrome da crisi genetica (GCS) è un concetto che descrive un evento patofisiologico legato a cambiamenti genetici nel microbiota, che alla fine porta a effetti negativi sull'ospite. Questa sindrome ha iniziato a essere messa in evidenza quando sono emerse le colture geneticamente modificate (GM). Le tecnologie transgeniche sono state sviluppate per modificare i genomi delle piante con resistenza a parassiti, erbicidi, funghi, virus e tolleranza alla siccità e alla salinità del suolo. I genomi delle piante sono stati modificati con l'introduzione di geni di resistenza ai parassiti per evitare l'uso di pesticidi chimici, con il risultato di un'agricoltura più rispettosa dell'ambiente. Molti microbi sono stati modificati geneticamente con geni antiparassitari e antifungini in grado di prevenire l'invasione dei parassiti, ma la controversia sugli alimenti geneticamente modificati non ha mai scoraggiato i consumatori.