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Gli archei endosimbiotici possono portare alla deplezione di selenio dal corpo umano, poiché hanno bisogno di selenio per sintetizzare le selenoproteine metanogeniche degli archei. L'endosimbiosi arcaica porta ad una sindrome da carenza di selenio. L'endosimbiosi arcaica e la carenza di selenio possono portare alla tiroidite autoimmune di Hashimoto, alla demenza autoimmune, alla malattia dei piccoli vasi cerebrali e all'idrocefalo a pressione normale. L'endosimbiosi arcaica può portare all'epatite autoimmune e alla malattia epatica cronica, nonché alla malattia polmonare interstiziale. Gli archei endosimbiotici possono anche indurre una sindrome disautonomica. Può anche indurre una disfunzione poli endocrina che consiste in un diabete mellito positivo agli anticorpi GAD, tiroidite di Hashimoto, iponatriemia ricorrente e surrenalite autoimmune. Può anche portare alla deplezione del colesterolo e alla carenza di ormoni sessuali. L'endosimbiosi arcaica porta all'accumulo di mucopolisaccaridi nei tessuti e alla sindrome dell'angiopatia mucoide, alla pancreatite (CCP), alla malattia della tiroide (MNG) e alla cardiomiopatia (EMF). L'endosimbiosi arcaica produce una sindrome da carenza di selenio multisistemica.