La industria alimentaria se mueve actualmente desde sus productores alrededor del mundo a través de cadenas de producción y distribución hasta sus clientes o consumidores finales. Estas cadenas son altamente vulnerables a sufrir contaminación, pueden ser un factor para la propagación de enfermedades, o ser blanco, aun, del bioterrorismo. En el presente trabajo se propone una metodología híbrida para el desarrollo de un Sistema de Monitoreo de Estabilidad Biológica para la Industria Acuícola, la cual cumple con el estándar Internacional de Inocuidad más importante, el ISO 22000. Esta metodología integra una de las áreas más importantes de la inteligencia artificial, los Sistemas Multi-Agente (SMA), cuyo paradigma de programación va más allá que otros paradigmas en nivel de abstracción y versatilidad, donde cada agente se encarga de atender un proceso independiente, así, la conducta combinada de dichos agentes produce, en conjunto, un resultado inteligente.