A sustentabilidade tem demandado às mais diversas organizações a adoção de um novo estilo de gestão com seus públicos de interesse, que combine a prática e a divulgação da eficiência econômica e da responsabilidade social e ambiental, afim de que sejam percebidas como legítimas perante a sociedade. Não obstante esta realidade, as instituição de ensino ainda não incorporaram satisfatoriamente essas novas práticas. Neste sentido, o objetivo do estudo é propor um sistema de gestão de resíduos e efluentes para uma universidade da região das missões no Rio Grande do Sul, considerando os resíduos gerados nos laboratórios da área da saúde, bem como os custos envolvidos no tratamento dos mesmos. Os resultados verificados com o sistema de gestão proposto, apontam claramente vantagens de ordem econômica, de redução de espaço físico para armazenamento de resíduos e efluentes, e de redução de concentrações e volumes de soluções e reagentes; além da conscientização de docentes e discentes, acerca da importância do gerenciamento de resíduos e efluentes gerados nos laboratórios em decorrência de aulas práticas, trabalhos de graduação e projetos de pesquisa.