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Los humedales son ambientes ricos en biodiversidad y altos en productividad primaria, que exportan grandes cantidades de nutrientes del medio marino cumpliendo funciones biológicas importantes como zona de desove de peces, desarrollo y crecimiento de invertebrados y zonas de anidamiento de aves. Así mismo estos ecosistemas prestan servicios ecosistemicos y controlan la erosión costera y evitan significativamente las inundaciones. Puerto Cortes gracias a su biografía cuenta con una diversidad de ecosistemas claves, entre ellos un Sistema de Humedales que alberga alta biodiversidad esencial para los procesos biogeoquímicos y mantener en equilibrio los niveles tróficos en estos ecosistemas. Cuenta con sistemas Lagunares, Estuarinos, Lagunas de Agua Dulce convirtiéndolo así en una zona de interés científico y con un alto potencial Ecoturistico para la comunidad Hondureña y fuera de ella.