El derecho penitenciario militar tiene origen en el derecho penal castrense y éste deriva de la jurisdicción militar, expresamente reconocida en el artículo 117.5 de la Constitución Española, en el ámbito estrictamente castrense y en los supuestos de estado de sitio, así que, sólo la aplicación del Código Penal Militar en situaciones ordinarias y excepcionales, pudiera conllevar el ingreso en prisión militar. Por regla general, el interno del Establecimiento Penitenciario Militar será militar- o militar de carrera del Cuerpo de la Guardia Civil- condenado por delito militar pero también cabe que ingrese por delito común y teóricamente que un civil pudiera hacerlo por delito militar o en situaciones anormales, como son tiempo de guerra o estado de sitio. El Reglamento de Establecimientos Penitenciarios Militares, aprobado por Real Decreto 1396/ 92, de 20 de noviembre de 1992 es el aplicable a las prisiones militares, mejor aun, a la única existente en la localidad de Alcalá de Henares.