A síndrome da crise genética (SCG) é um conceito que descreve um evento fisiopatológico relacionado com alterações genéticas na microbiota, que acaba por provocar efeitos adversos no hospedeiro. Esta síndrome começou a ser objeto de atenção quando surgiram as culturas geneticamente modificadas (GM). As tecnologias transgénicas foram desenvolvidas para modificar os genomas das plantas, conferindo-lhes resistência a pragas, herbicidas, fungos, vírus e tolerância à seca e à salinidade do solo. Os genomas das plantas foram modificados através da introdução de genes de resistência a pragas para evitar a utilização de pesticidas químicos, o que resultou numa agricultura mais respeitadora do ambiente. Muitos micróbios foram geneticamente modificados com genes anti-pragas e anti-fungicidas que poderiam impedir a invasão de pragas, mas a controvérsia sobre os alimentos geneticamente modificados nunca desanimou.