El síndrome de crisis genética (SCG) es un concepto que describe un acontecimiento fisiopatológico relacionado con cambios genéticos en la microbiota, que en última instancia provoca efectos adversos en el huésped. Este síndrome empezó a ser objeto de atención cuando surgieron los cultivos modificados genéticamente (MG). Se desarrollaron tecnologías transgénicas para modificar los genomas de las plantas con resistencia a plagas, herbicidas, hongos, virus y tolerancia a la sequía y a la salinidad del suelo. Los genomas de las plantas se han modificado mediante la introducción de genes con resistencia a las plagas para evitar el uso de pesticidas químicos, lo que ha dado lugar a una agricultura más respetuosa con el medio ambiente. Muchos microbios fueron modificados genéticamente con genes antiplagas y antifungicidas que podían evitar la invasión de plagas, pero la polémica sobre los alimentos transgénicos nunca desanimó.
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