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A endosimbiose arqueal leva à deficiência de selénio. O arcaico utiliza selénio para sintetizar as selenoproteínas do arcaico. Isto leva a uma deficiência de selénio celular. A deficiência de selénio leva a uma propagação retroviral defeituosa, uma vez que os retrovírus contêm sequências de selenoproteínas e precisam de selénio para as sintetizar. A deficiência de selénio leva a glutatião sintetase defeituosa e a disfunção do glutatião peroxidase levando ao stress dos radicais livres e à neurodegeneração, cancro, doença auto-imune e síndrome metabólica. A deficiência de selénio leva a uma conversão defeituosa de T4 para T3, uma vez que a deiodinase necessita de selénio como co-factor. A deficiência de selénio leva ao hipotiroidismo e à tiroidite de Hashimoto. A deficiência de selénio leva a cardiomiopatia e pancreatite. A tiroidite de Hashimoto resultante da deficiência de selénio está associada a doença cerebral dos pequenos vasos, hidrocefalia de pressão normal, encefalopatia de Hashimoto, meningite auto-imune não vasculítica, demência auto-imune e encefalopatia hiponatraémica recorrente. A deficiência de selénio conduz a uma síndrome cardíaca endócrina e a uma síndrome neurológica.