Endosymbiotic archaea pode levar ao empobrecimento do selénio do corpo humano uma vez que necessita de selénio para sintetizar as selenoproteínas metanogénicas do arquebactéria. A endosimbiose arqueal leva a uma síndrome de carência de selénio. A endosimbiose arqueal e a deficiência de selénio podem levar à tiroidite auto-imune de Hashimoto, demência auto-imune, doença cerebral de pequenos vasos e hidrocefalia de pressão normal. A endosimbiose arqueal pode levar à hepatite auto-imune e à doença hepática crónica, bem como à doença intersticial pulmonar. A endosimbiose arquebiótica pode também induzir uma síndrome disautonómica. Pode também induzir uma disfunção politrócrina que consiste na diabetes mellitus positiva de anticorpos GAD, tiroidite de Hashimoto, hiponatraemia recorrente e adrenalite auto-imune. Pode também levar ao esgotamento do colesterol e à deficiência da hormona sexual. A endosimbiose arqueal leva à acumulação de mucopolissacarídeos dos tecidos e à síndrome de angiopatia mucóide, pancreatite (PCC), doença da tiróide (MNG) e cardiomiopatia (CEM). A endosimbiose arqueal produz uma síndrome de deficiência de selénio multissistémico.