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Habituellement, les biocapteurs sont utilisés pour détecter une molécule spécifique d'intérêt. Récemment, la recherche de nouvelles cibles par ces biocapteurs a été utilisée dans des processus tels que la découverte de médicaments, de récepteurs, la quantification de la toxicité des polluants, etc. Théoriquement, il est possible de concevoir la protéine pour obtenir le type souhaité de biocapteurs protéiques ayant une affinité pour la détection de nouvelles cibles, et cela peut être fait soit sur des biocapteurs génériques, soit sur une nouvelle protéine. Dans ce contexte, la procédure de conception computationnelle produit des données plus fiables qui améliorent la conception de la protéine. En mettant en oeuvre les stratégies de réarrangement ou de conception moléculaire dans la protéine, il est possible de construire un nouveau biocapteur.