Les lagunes constituent un type particulier de masse d'eau de transition en ce sens qu'elles occupent une niche importante entre la terre et la mer, entre les caractéristiques d'un bassin versant et la haute mer. Elles possèdent leur propre ensemble de processus et dépendent des processus provenant des eaux de ruissellement, de la terre, de la côte et de la mer. Cependant, elles sont également le lieu de grands développements urbains et industriels, de ports, de l'aquaculture et de la pêche. Il est évident que les scientifiques spécialistes des lagunes doivent inscrire leur travail sur les caractéristiques naturelles dans le monde réel de la gestion, de l'administration et de la gouvernance des zones. Nous serons de plus en plus confrontés à l'eutrophisation côtière. Le développement humain le long de la côte ne réduira pas l'apport de nutriments et de matières organiques, qui est la cause de l'eutrophisation. Nous devons étudier des stratégies de gestion efficaces en aval des conséquences de l'eutrophisation.
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