L'organisation des structures nucléaires est visible dans la périodicité du tableau de Mendeleïev. Pourtant le noyau atomique n'est actuellement pas pensé en tant que structure. Une épistémologie retraçant l'évolution des idées atomiques permet de comprendre les raisons historiques de ce choix conceptuel. Il est utile de repenser les interactions d'attraction et de répulsion des éléments constituant le noyau atomique. Les interactions à l'intérieur du noyau expliquent les structures nucléaires. Les structures nucléaires obtenues correspondent à l'organisation et à la périodicité du tableau de Mendeleïev. Cette représentation géométrique du noyau permet d'expliquer les liens chimiques comme un emboitement. Les règles chimiques de valence duet, octet et 18 électrons correspondent à un emboitement, symétrique et les liaisons électrochimiques correspondent à un emboitement non symétrique. Les phénomènes électriques et quantiques accompagnant les liaisons atomiques sont expliqués par le mouvement des protons mobiles sur la structure atomique. les lois physiques de la réfraction, de la diffraction et de la semi-conduction sont expliquées avec ce nouveau modèle atomique.