La maggior parte delle malattie delle piante è causata da organismi biotici, ovvero vivi. Molti organismi diversi, tra cui funghi, batteri, fitoplasmi, virus e viroidi, nematodi e piante superiori parassite, sono responsabili della maggior parte delle malattie delle piante. I disturbi indotti da cause abiotiche non sono contagiosi in natura. Esiste un numero pressoché infinito di fattori che possono provocare un disturbo; tuttavia, la maggior parte dei disturbi è causata da una manciata di fattori, tra cui temperature estreme, umidità, luce, livelli di nutrienti, terreno scadente (acidità o alcalinità, sale, consistenza), tossicità dei pesticidi, inquinamento atmosferico, venti forti, grandine e pratiche culturali improprie. Le piante sono particolarmente sensibili ai danni causati dall'aggressione degli insetti e dalla concorrenza di piante non desiderate (erbacce). Tuttavia, i danni alle piante causati da insetti, persone o altri animali spesso non rientrano nell'oggetto delle indagini di patologia vegetale.
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