Krokodile spielen eine Schlüsselrolle bei der Aufrechterhaltung des ökologischen Systems auf der ganzen Welt. Sie sind nicht nur bei der Kontrolle der Nagetierpopulation hilfreich, sondern auch für den Menschen, indem sie die Ausbreitung von Krankheiten stoppen. Sie helfen auch bei der Verhinderung der Flussblindheit. Die Jungtiere der Krokodile fressen die Schnecken, in denen die Parasiten einen Teil ihres Lebenszyklus verbringen. Krokodile sind wichtige Bestandteile des Nahrungsnetzes in einem Ökosystem. Die Ausrottung einer Art aus dem Ökosystem verändert die Populationsstruktur anderer Lebewesen extrem. Krokodile als Top-Raubtiere sind als elementare Arten bekannt; sie tragen aber auch als Beutetiere zur Nahrungskette bei, wenn sie noch jung sind. Krokodilarten können auch für den Menschen eine nützliche Rolle in der Umwelt spielen. In einigen Gebieten helfen Krokodile bei der Bekämpfung von Schädlingen in der Landwirtschaft, indem sie Nagetiere und Insekten fressen. Krokodile werden heutzutage überall auf der Welt zu kommerziellen Zwecken in Gefangenschaft gezüchtet. Die Erhaltung des Sumpfkrokodils in Pakistan durch nachhaltige Nutzung wird als die Strategie angesehen, die die einzige noch existierende Art der Ordnung Crocodylia langfristig retten könnte.