Die meisten Pflanzenkrankheiten werden durch biotische, also lebende Organismen verursacht. Viele verschiedene Organismen, darunter Pilze, Bakterien, Phytoplasmen, Viren und Viroide, Nematoden und parasitische höhere Pflanzen, sind für die meisten Pflanzenkrankheiten verantwortlich. Krankheiten, die durch abiotische Ursachen ausgelöst werden, sind von Natur aus nicht ansteckend. Es gibt fast unendlich viele Faktoren, die eine Krankheit auslösen können; die meisten Krankheiten werden jedoch durch eine Handvoll Faktoren ausgelöst, darunter extreme Temperaturen, Feuchtigkeit, Licht, Nährstoffgehalt, schlechte Böden (Säure- oder Alkaligehalt, Salz, Textur), Toxizität von Pestiziden, Luftverschmutzung, starke Winde, Hagel und unsachgemäße Anbaumethoden. Besonders anfällig sind sie für Schäden durch Insektenbefall und die Konkurrenz durch unerwünschte Pflanzen (Unkraut). Pflanzenschäden, die durch Insekten, Menschen oder andere Tiere verursacht werden, gehören jedoch oft nicht zum Untersuchungsgegenstand der Pflanzenpathologie.
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