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Recentemente, la metagenomica è emersa come un'alternativa ai metodi di screening microbiologico convenzionali, poiché consente di studiare in modo esaustivo le comunità microbiche nel loro ambiente naturale. Questa tecnica è stata utilizzata per valutare l'estensione e la diversità dei meccanismi di resistenza nelle comunità microbiche associate alla rizosfera di Erica andevalensis, un'erica estremofila endemica del fiume Rio Tinto, in Spagna. A tal fine, abbiamo costruito una libreria metagenomica utilizzando il plasmide pBluescript SKII+ come vettore di clonazione, accettando inserti di dimensioni comprese tra 2500 bp e 8000 bp (coppia di basi). La nostra libreria conteneva 60.000 cloni, ai quali abbiamo sottoposto quattro antibiotici: acido nalidixico, tetraciclina, streptomicina e kanamicina. Contro questi, abbiamo isolato un clone resistente con una MIC = 10¿g/ml. Il sequenziamento dell'inserto e la successiva analisi bioinformatica hanno rivelato che si tratta di un'aminoglicoside fosfotransferasi APH III che agisce per disattivazione della fosforilazione dell'antibiotico.