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Les archées endosymbiotiques peuvent entraîner un épuisement du sélénium dans l'organisme humain, car celui-ci a besoin de sélénium pour synthétiser les sélénoprotéines des archées méthanogènes. L'endosymbiose archéenne conduit à un syndrome de carence en sélénium. L'endosymbiose archéenne et la carence en sélénium peuvent entraîner une thyroïdite auto-immune de Hashimoto, une démence auto-immune, une maladie des petits vaisseaux cérébraux et une hydrocéphalie à pression normale. L'endosymbiose archéenne peut entraîner une hépatite auto-immune et une maladie chronique du foie ainsi qu'une pneumopathie interstitielle. Les archées endosymbiotiques peuvent également induire un syndrome dysautonomique. Elle peut également induire un dysfonctionnement poly endocrinien consistant en un diabète sucré positif aux anticorps GAD, une thyroïdite de Hashimoto, une hyponatrémie récurrente et une surrénalite auto-immune. Elle peut également entraîner une déplétion en cholestérol et une déficience en hormones sexuelles. L'endosymbiose archéenne entraîne une accumulation de mucopolysaccharides dans les tissus et le syndrome d'angiopathie mucoïde, de pancréatite (CCP), de maladie thyroïdienne (MNG) et de cardiomyopathie (EMF). L'endosymbiose archéale produit un syndrome de carence en sélénium multisystème.