Los estudios realizados con métodos predominantemente dependientes del cultivo han permitido establecer un conjunto de especies que se cree que desempeñan un papel en la patogénesis de las lesiones perirradiculares. Más recientemente, los métodos moleculares han ampliado los datos que apoyan el papel de muchas especies bacterianas en las enfermedades perirradiculares y también han ampliado la lista de presuntos patógenos endodónticos al detectar especies de cultivo difícil o incluso imposible. En consecuencia, la microbiota endodóntica ha sido claramente redefinida por los métodos moleculares.