Estudos utilizando predominantemente métodos dependentes da cultura resultaram no estabelecimento de um conjunto de espécies que se pensa desempenharem um papel na patogénese das lesões periradiculares. Mais recentemente, os métodos moleculares alargaram os dados que apoiam o papel de muitas espécies bacterianas nas doenças periradiculares e expandiram também a lista de suspeitas de agentes patogénicos endodônticos através da detecção de espécies de cultivo difícil ou mesmo impossível. Como consequência, a microbiota endodôntica foi claramente redefinida por métodos moleculares.