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Gli studi condotti con metodi prevalentemente coltura-dipendenti hanno portato alla definizione di un insieme di specie che si ritiene svolgano un ruolo nella patogenesi delle lesioni periradicolari. Più recentemente, i metodi molecolari hanno ampliato i dati che supportano il ruolo di molte specie batteriche nelle malattie periradicolari e hanno anche esteso l'elenco dei sospetti patogeni endodontici individuando specie di difficile o addirittura impossibile coltivazione. Di conseguenza, il microbiota endodontico è stato chiaramente ridefinito dai metodi molecolari.