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La integración aleatoria del vector de la EIVT en el cromosoma del patógeno se realiza mediante mutagénesis de inserción-duplicación para crear un conjunto de patógenos recombinantes (esto significa que el gen en el que se ha insertado el vector por recombinación homóloga no se interrumpe). Los recombinantes pueden seleccionarse utilizando la resistencia a los antibióticos, ya que también hay un marcador adicional en la construcción IVET integrada. A continuación, los clones agrupados se inoculan en el ratón. Los dos tipos principales de estrategias de trampa del promotor de la IVET son (a) la complementación de la mutación auxotrófica y (b) la expresión de la resistencia a los antibióticos. Sólo las bacterias que contienen el marcador selectivo fusionado a un gen transcripcionalmente activo en el hospedador son capaces de sobrevivir. Tras un periodo de infección adecuado, las bacterias que expresan el marcador se aíslan a partir de tejido pulmonar, hepático, esplénico y mesentérico.
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