La PDT è selettiva; può colpire tessuti specifici senza causare danni estesi ai tessuti sani circostanti. Tuttavia, la sua efficacia può variare a seconda del tipo e della localizzazione della patologia da trattare. Inoltre, la luce utilizzata per l'attivazione ha dei limiti in termini di penetrazione nei tessuti, il che può influire sulla sua applicabilità in alcune situazioni. È importante notare che la scelta del trattamento dipende dalla diagnosi specifica e dalle caratteristiche della condizione del paziente.