A PDT é selectiva; pode atingir tecidos específicos sem causar danos extensos aos tecidos saudáveis circundantes. No entanto, a sua eficácia pode variar consoante o tipo e a localização da doença que está a ser tratada. Além disso, a luz utilizada para a ativação tem limitações em termos de penetração nos tecidos, o que pode afetar a sua aplicabilidade em determinadas situações. É importante referir que a escolha do tratamento depende do diagnóstico específico e das características da doença do paciente.