Cis-regulierende Elemente (CRE) wie Promotoren und Enhancer sind entscheidende Kandidaten für die Regulierung der Genexpression. Durch die Zusammenarbeit von Cis-regulierenden Sequenzen mit den entsprechenden Transkriptionsfaktoren kann das Verhalten oder das Schicksal des Genprodukts unter verschiedenen Bedingungen, z. B. Stress oder in verschiedenen Entwicklungsstadien, verändert werden. Kleine Mutationen/Deletionen innerhalb dieser Sequenzen können zu einer phänotypischen Vielfalt auf der Ebene der Arten führen. Eine umfassende Studie über CRE wird den Werkzeugkasten der verfügbaren Promotoren für die Pflanzenbiotechnologie erweitern. Die jüngsten Fortschritte in der Bioinformatik haben neue Möglichkeiten zur Entdeckung neuartiger Promotoren und ihrer Cis-Elemente eröffnet, die durch die Entwicklung robusterer Berechnungsmethoden weiter verbessert werden können.
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