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O biofilme é uma comunidade microbiana séssil numa superfície viva ou inerte. Nas explorações leiteiras, os biofilmes formam-se inevitavelmente nas superfícies húmidas dos equipamentos. Existem dois tipos: o biofilme positivo, constituído por flora de interesse tecnológico, como as bactérias do ácido láctico, que desempenham um papel importante na prevenção da adesão de microrganismos patogénicos, e o biofilme negativo, constituído por flora de deterioraçãoflora e flora patogénica. O biofilme negativo pode desprender-se do equipamento e contaminar o leite cru, causando alteração da sua qualidade organoléptica e podendo ser a causa de doenças graves