Dans les zones urbaines, les principaux agents polluants de l'eau sont les eaux usées, qui sont le plus souvent déversées directement dans les masses d'eau. Face à la dégradation intense des masses d'eau, les eaux usées de diverses villes brésiliennes ont été traitées dans des stations d'épuration des eaux usées (SEEE), qui fonctionnent selon différents systèmes technologiques. Certains constituants des eaux usées, tels que les métaux et les oeufs d'helminthes, sont concentrés dans les boues après leur passage dans la station d'épuration. Plusieurs composants organiques (acides humiques) et minéraux (azote et phosphore) confèrent aux boues des caractéristiques fertilisantes ; cependant, d'autres constituants sont indésirables tels que : les métaux lourds, les polluants organiques et les micro-organismes pathogènes ; pour leur risque sanitaire et environnemental.