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El nitrógeno es uno de los compuestos biogénicos más importantes. Es indispensable para facilitar el crecimiento y el funcionamiento de todos los organismos. Este elemento químico existe en el suelo en muchas formas y en el suelo es muy activo. Los microorganismos desempeñan un papel importante en el ciclo del nitrógeno. Los principales procesos que intervienen en el ciclo del nitrógeno son la fijación del nitrógeno, la amonificación, la nitrificación y la desnitrificación. La fijación del nitrógeno es la fuente más importante de nitrógeno biológicamente disponible en la biosfera. La amonificación es la reducción de los compuestos orgánicos a amoníaco. La nitrificación es un proceso de dos pasos de oxidación del amonio a nitrato. La desnitrificación es la conversión del nitrato en gas. La intensidad de los procesos microbianos en el suelo depende de: el tipo de suelo, el contenido de agua, la oxigenación, la vegetación y la fertilización. Las reacciones también influyen en el ciclo del nitrógeno en el suelo. Para la mayoría de las especies de microorganismos, el crecimiento es óptimo en reacción neutra. En suelos ácidos se inhibe la actividad de los microorganismos y la intensidad de los procesos.