La majorité des maladies des plantes sont causées par des organismes biotiques, c'est-à-dire vivants. De nombreux organismes différents, dont les champignons, les bactéries, les phytoplasmes, les virus et viroïdes, les nématodes et les plantes supérieures parasites, sont responsables de la majorité des maladies des plantes. Les troubles qui sont induits par des causes abiotiques ne sont pas contagieux par nature. Il existe un nombre presque infini de facteurs susceptibles de provoquer un trouble ; toutefois, la majorité des troubles sont provoqués par une poignée de facteurs, notamment des températures extrêmes, l'humidité, la lumière, les niveaux de nutriments, la mauvaise qualité du sol (acidité ou alcalinité, sel, texture), la toxicité des pesticides, la pollution atmosphérique, les vents forts, la grêle et les pratiques culturales inadéquates. Les plantes sont particulièrement sensibles aux dommages causés par les attaques d'insectes et la concurrence des plantes indésirables (mauvaises herbes). Cependant, les dommages causés aux plantes par les insectes, l'homme ou d'autres animaux ne font souvent pas partie de l'objet des recherches en phytopathologie.