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Le traitement de l'Ulcère de Buruli est en plein essort. Des traitements locaux sont disponibles, associant chirurgie, soins des plaies et des cicatrices, et préservation des fonctions par kinésithérapie. Des traitements généraux à base d'antibiotiques associant rifampicine et streptomycine pendant 8 semaines sont les recommandations actuelles, mais d'autres assocations à base de rifampicine associant la clarythromycine ou les fluoroquinolones ont déjà montré leur efficacité dans certaines régions endémiques. Toutes les formes de l'ulcère de Buruli (papules, nodules, plaques, oedèmes et ulcérations) aussi étendues soient-elles, répondent bien au traitement antibiotique, bien que les grandes lésions puissent guérir lentement et nécessiter la chirurgie (débridement, greffe cutanée, reprise de cicatrice). Le traitement est d'autant plus efficace que la détection des cas est précoce. A côté de ça, il existe d'autres traitements complémentaires ; pour la plupart, ils nécessitent d'être mieux étudiés pour prouver leur efficacité.