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La alineación de secuencias es útil para descubrir información funcional, estructural y evolutiva en las secuencias biológicas.Es importante obtener la mejor alineación posible o la llamada óptima para descubrir esta información. Además, si dos secuencias de diferentes organismos son similares, es posible que hayan sido una secuencia ancestral común y las secuencias se definen como homólogas.Una vez encontrado el MSA, el número de tipos de cambios en los residuos de la secuencia alineada puede utilizarse para un análisis filogenético.En algunos casos, la posición es tan importante para la función que no se observan cambios mutacionales.