L'allineamento delle sequenze è utile per scoprire informazioni funzionali, strutturali ed evolutive nelle sequenze biologiche. È importante ottenere il miglior allineamento possibile o il cosiddetto allineamento ottimale per scoprire queste informazioni. Inoltre, se due sequenze provenienti da organismi diversi sono simili, è possibile che abbiano avuto un antenato comune e le sequenze vengono definite omologhe. Una volta trovato l'MSA, il numero di tipi di cambiamenti nei residui della sequenza allineata può essere utilizzato per un'analisi filogenetica. In alcuni casi, la posizione è così importante per la funzione che i cambiamenti mutazionali non vengono osservati.