L'alignement des séquences est utile pour découvrir des informations fonctionnelles, structurelles et évolutives dans les séquences biologiques. Il est important d'obtenir le meilleur alignement possible ou appelé alignement optimal pour découvrir ces informations. De plus, si deux séquences provenant d'organismes différents sont similaires, elles peuvent avoir été une séquence d'ancêtre commun et les séquences sont définies comme étant homologues.Une fois que le MSA a été trouvé, le nombre de types de changements dans les résidus de la séquence alignée peut être utilisé pour une analyse phylogénétique.Dans certains cas, la position est si importante pour la fonction que les changements mutationnels ne sont pas observés.