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Le Web sémantique est défini par un ensemble de méthodes et de technologies permettant à des agents logiciels de raisonner sur le contenu des ressources du Web. Cette vision du Web dépend de la construction des ontologies et de l'utilisation de métadonnées pour représenter ces ressources. L'objectif de notre travail de thèse est d'annoter sémantiquement des documents balisés et relatifs au même domaine. Ces documents peuvent comporter des parties bien structurées et d'autres textuelles. Nous supposons disposer d'une ontologie de domaine définie par des concepts, des relations entre ces concepts et des propriétés. Cette ontologie comporte des métadonnées d'annotation qui décrivent les objets pédagogiques du domaine. Nous avons défini une approche automatique à base de trois agents intelligents. Un agent d'extraction qui permet d'extraire des objets pédagogiques de manière indépendante du domaine et de les aligner aux concepts de l'ontologie. Un agent d'annotation défini par un ensemble de règles déclaratives pour annoter les noeuds et leurs relations. La base d'annotations RDF(S) construite peut être interrogée à l'aide de requêtes SPARQL défini dans l'agent de traitement.