Le cause principali della violenza di genere e sessuale in Uganda sono la povertà, la disuguaglianza sociale e una società profondamente patriarcale, che si manifesta con violenza sessuale, violenza fisica, emotiva e psicologica, pratiche culturali dannose e violenza socio-economica. Le pratiche tradizionali dannose che includono la mutilazione genitale femminile (FGM) che è il taglio degli organi genitali per ragioni non mediche, di solito fatto in giovane età, sono comuni. C'è anche la negazione dell'istruzione per le ragazze o le donne, l'allontanamento delle ragazze dalla scuola, il divieto o l'impedimento dell'accesso delle ragazze e delle donne alle conoscenze tecniche, professionali o scientifiche di base. Le donne rifugiate, comprese le lesbiche, i gay, i bisessuali, i transgender e gli intersessuali (LGBTI) non sono esenti dalle sofferenze di questa violenza. Questi rifugiati sono sparsi nelle aree urbane e rurali dell'Uganda. Il rischio legato ai mezzi di sussistenza, la violenza familiare, il rischio all'interno e intorno alle case sono i luoghi dove i rifugiati sono più a rischio.