Las presas y los embalses, aunque son una fuente eficaz de agua y electricidad, son enormemente perjudiciales para el medio ambiente acuático y terrestre. Estos cambios en el medio ambiente son de diverso grado. Las presas afectan a muchos componentes ecológicos diferentes de los ríos, como la migración de los peces, la erosión, el cambio en el transporte de sedimentos, la temperatura del agua y, por tanto, el cambio en el nivel de oxígeno, y también crean un entorno hospitalario para muchas especies (WCD, 2000; Keller, 2000; American Rivers, 2001). El atrapamiento de los sedimentos fluviales con sus nutrientes aumenta el crecimiento masivo de las algas. Esto altera el sabor, el color y el olor del agua, por lo que hace que el agua no sea segura para beber, nadar y también desagradable para el suministro de agua potable. La sedimentación y las descargas de agua clara también conducen a la degradación del lecho cerca de la presa, pero la atenuación de las inundaciones causada por la presa puede ser dominante y conducir a la degradación aguas abajo de los afluentes que traen altas cargas de sedimentos. La contaminación, los cambios en los indicadores de calidad del agua (temperatura, OD, conductividad eléctrica, pH, nutrientes, metales, etc.), la evaporación que provoca la recesión del agua, el aumento de la salinidad y la obstrucción del río afectan en gran medida a la fluctuación del nivel del agua.
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