Les barrages et les réservoirs, bien qu'ils soient une source efficace d'eau et d'électricité, sont extrêmement préjudiciables aux environnements aquatiques et terrestres. Ces changements environnementaux sont à des degrés divers. Les barrages affectent de nombreuses composantes écologiques des rivières telles que la migration des poissons, l'érosion, la modification du transport des sédiments, la température de l'eau et donc le niveau d'oxygène, et créent également un environnement accueillant pour de nombreuses espèces (WCD, 2000 ; Keller, 2000 ; American Rivers, 2001). Le piégeage des sédiments fluviaux et de leurs nutriments favorise la croissance massive des algues. Celles-ci altèrent le goût, la couleur et l'odeur de l'eau, rendant ainsi l'eau impropre à la consommation, à la baignade et à l'approvisionnement en eau potable. La sédimentation et les lâchers d'eau claire entraînent également une dégradation du lit à proximité du barrage, mais l'atténuation des crues causée par le barrage peut être dominante et entraîner une dégradation en aval des affluents apportant de fortes charges sédimentaires. La pollution, les changements dans les indicateurs de la qualité de l'eau (température, OD, conductivité électrique, pH, nutriments, métaux, etc.), l'évaporation qui provoque la récession de l'eau, l'augmentation de la salinité et l'obstruction de la rivière affectent fortement la fluctuation du niveau d'eau.