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Mikroorganismen spielen eine wichtige Rolle bei der Beeinträchtigung des Saatguts, wobei Pilze die größte Gruppe darstellen. Diese Krankheitserreger sind verhängnisvoll, da sie die Qualität des Saatguts, die Keimung und die Vitalität der Sämlinge beeinträchtigen und so den optimalen Pflanzenbestand auf dem Feld reduzieren. Eine in der Region Konkan durchgeführte Untersuchung ergab, dass die Reissorte Ratnagiri-2 die höchste Saatgutverfärbung (18 %) aufwies, während die geringste Saatgutverfärbung (3 %) bei Ratnagiri-24, Karjat-4 und Sahyadri-3 festgestellt wurde. Im Blotter-Test zeigte sich, dass die Assoziation von samenbürtigen Pilzen und der Keimung verschiedener Reissorten bei Karjat-4 und Panvel-3 bei 20 Prozent bzw. 35,50 Prozent lag. In Bezug auf die Keimung verzeichnete die Sorte Karjat-4 98,50 Prozent Keimung, während die Sorte Panvel-3 60 Prozent Keimung mit einem maximalen Keimverlust von 40 Prozent aufwies. Bei der Agarplattenmethode wiesen Ratnagiri-1 und Ratnagiri-73 das höchste Vorkommen an samenbürtigen Pilzen auf (25 %) bzw. (27 %). Neun Pilzarten, nämlich Fusarium moniliforme, Fusarium semitectum, Fusarium fusarioides, Curvularia lunata, Curvularia pallescens, Aspergillus niger, Trichoderma harzianum, Rhizopous stolonifer.