I sistemi a giacinto d'acqua sono molto efficienti nella rimozione degli inquinanti dalle acque reflue. L'efficienza della rimozione dell'azoto varia dal 10 al 90%. I risultati del sistema di giacinti d'acqua di Iron Bridge in Florida (USA) hanno dimostrato che la rimozione del fosforo varia dal 35 all'80%. Lo stesso impianto ha rimosso con successo circa il 60% dei BOD e il 43% dei materiali in sospensione dalle acque reflue. Questi sistemi possono anche rimuovere efficacemente metalli pesanti come cloro, cadmio, rame e altri. In un esperimento il giacinto d'acqua ha rimosso il 72% del cadmio dalle acque reflue. Le piante acquatiche rimuovono gli inquinanti assimilandoli direttamente nei loro tessuti e fornendo un ambiente adatto ai microrganismi per trasformare gli inquinanti e ridurne le concentrazioni. Tali processi biochimici/fisiochimici che funzionano in questi sistemi includono la nitrificazione/denitrificazione e la volatilizzazione dell'ammoniaca. I nutrienti e i metalli pesanti accumulati vengono rimossi dai sistemi acquatici attraverso la raccolta delle piante e il dragaggio dei sedimenti. Pertanto, il giacinto d'acqua rimuove efficacemente le acque reflue contenenti nutrienti.