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La production d'huile d'olive génère des quantités très importantes de margines qui engendre des pollutions excessives et nocives avec un coût de traitement très élevé. Cependant, en Tunisie, la gestion de ce type de déchets est encore insuffisante voire inexistante vue le refuge au stockage dans des bassins éloignés à ciel ouvert pour l'infiltration ou évaporation des eaux. Comme tentative de résolution de ce problème de toxicité, nous proposons l'électrocoagulation - un procédé de traitement des effluents des huileries tunisiennes le moins cher et le plus efficace. Ce traitement par électrocoagulation dépend de 4 facteurs. Nous avons appliqué une nouvelle stratégie basée sur l'utilisation des plans d'expériences (DOE) utilisant le logiciel Minitab 19.0. Les 6 réponses suivies peuvent confirmer l'efficacité de ce traitement. Nous pouvons ainsi éliminer jusqu'à 70% de polyphénols présents dans les margines estimés comme source de toxicité.